NATURA 2000, czyli Europejska Sieć Ekologiczna, to wyznaczone obszary o szczególnej ochronie, gdzie priorytetowo traktowane są unikalne siedliska przyrodnicze oraz gatunki. Wszystkie kraje Wspólnoty zobowiązały się do przyczyniania się do powodzenia tej sieci poprzez wdrożenie działań mających na celu ochronę i utrzymanie różnorodności biologicznej. Na obszarze administracyjnym Nadleśnictwa Toruń znajduje się pięć obszarów Natura 2000.

Obszar Natura 2000 PLB 040003 Dolina Dolnej Wisły to obszar o powierzchni 22 720 ha województwa Kujawsko-Pomorskiego, w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Toruń – 5021,54 ha oraz w stanie posiadania nadleśnictwa – 361,90 ha. Dolina Wisły na tym terenie obejmuje odcinek od Włocławka do ujścia w Przegalinie, włączając fragment Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej i część Doliny Dolnej Wisły. Obszar charakteryzuje się naturalnym korytem Wisły, starorzeczami, torfowiskami, lasami łęgowymi, murawami kserotermicznymi i lasami grądowymi.

Stanowi ostoję dla około 180 gatunków ptaków, m.in. łabędzia niemego, oharu, nurogęś, błotniaka stawowego, derkacza, żurawia. Obszar ten jest także domem dla zwierząt objętych ochroną, takich jak borowiec wielki, gacek brunatny, karlik malutki, bóbr europejski, a także płazy, m.in. ropucha szara, grzebiuszka ziemna. Występują tu także rośliny chronione, takie jak mącznica lekarska, kukułka krwista, przylaszczka pospolita.

Obszar Natura 2000 PLH 040043 Leniec w Barbarce obejmuje powierzchnię 4,11 ha, z czego 2,15 ha należy do Nadleśnictwa Toruń (obręb Olek). To jedno z najliczniejszych stanowisk leńca bezpodkwiatkowego w regionie kujawsko-pomorskim, gatunku z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Obszar ten reprezentuje m.in. siedlisko świetlistej dąbrowy Potentillo albae-Quercetum z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG. W 2011 roku populację leńca oszacowano na 13 600 osobników w 2 skupieniach, stanowiąc ok. 12% populacji krajowej.

Zlokalizowany na północno-wschodnich obrzeżach Torunia, przy osadzie leśnej Barbarka, obszar znajduje się w otoczeniu skrzyżowania torów kolejowych i drogi leśnej (ul. Pawia), znacznej części pod linią energetyczną. Komisja Europejska, decyzją z 7 listopada 2013 r., uznaje obszar za istotny dla kontynentalnego regionu biogeograficznego. Plan zadań ochrony, ustanowiony Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy z 13 grudnia 2016 r., reguluje działania ochronne na terenie tego obszaru Natura 2000.

Obszar Natura 2000 PLH 040040 Zbocza Płutowskie to obszar o powierzchni 1002,42 ha, w tym w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Toruń: - 829,82 ha (88,79 ha w stanie posiadania nadleśnictwa). Położony na stromych zboczach Doliny Dolnej Wisły, wznoszących się do 60 m ponad dno doliny, obszar charakteryzuje specyficzna rzeźba terenu z parowami, jarami i znacznymi deniwelacjami. Dodatkowo obejmuje użytkowane rolniczo dno doliny, m.in. grunty orne i łąki.

Najważniejszym walorem przyrodniczym są zbiorowiska roślinności kserotermicznej, takie jak zespoły Adonio-Brachypodium i Potentillo-Stipetem-Capillatae, płaty grądu subkontynentalnego Tilio-Carpinetum oraz rzadziej łęgu jesionowo-wiązowego Ficario-Ulmetum minoris. Istnieje zagrożenie związane z zaniechaniem użytkowania pastwisk, co może prowadzić do zaniku kserotermicznych muraw i utraty populacji rzadkich gatunków roślin i zwierząt.

Obszar ten ma plan zadań ochrony, ustanowiony Zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy z 1 sierpnia 2019 r. (Dz. Urz. Woj. Kuj-Pom. Poz. 4324), który obejmuje cały obszar Natura 2000, z wyłączeniem rezerwatu przyrody "Płutowo".

Obszar Natura 2000 PLH 040003 Solecka Dolina Wisły to teren o powierzchni 7030,08 ha, z dominującymi siedliskami, takimi jak łąki, starorzecza, lasy łęgowe i zalewane brzegi rzek. Woda zajmuje 32,0% obszaru, a tereny rolnicze 23,0%. Wśród gatunków roślin objętych ochroną są m.in. żabieniec trawolistny, czosnek wężowy, kopytnik europejski. Zwierzęta to m.in. bóbr europejski, mopek, wydra, oraz płaz kumak nizinny. Obszar posiada plan zadań ochrony, regulujący działania ochronne, wyłączając rezerwaty Las Mariański, Wielka Kępa.

PLH 040020 Torfowisko Linie to obszar Natura 2000 o powierzchni 5,27 ha, w pełni w posiadaniu nadleśnictwa. Znajduje się tu śródleśne torfowisko, głównie torfowisko wysokie w części centralnej, torfowisko przejściowe na obrzeżach i przekształcona przez eksploatację część północna. To jedyne niżowe stanowisko brzozy karłowatej w Polsce. Obszar obejmuje trzy czwarte powierzchni torfowisk, pozostała część to zarośla wierzb szerokolistnych i olcha torfowcowa. W otoczeniu występują zarośla wierzbowe, lasy olszowe, grądy na glinie morenowej oraz bory sosnowe i mieszane na zwydmionych piaskach fluwioglacjalnych. Na terenie występują także chronione gatunki roślin, takie jak bagno zwyczajne, rosiczka okrągłolistna, pływacz zwyczajny, wątlik błotny i bobrek trójlistkowy.

Obszar został uznany za SOO w celu ochrony lub odtworzenia torfowiska wysokiego i przejściowego. Posiada plan zadań ochronnych ustanowiony zarządzeniem Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy z 3 września 2012 r.