Ochrona gatunkowa na terenie Nadleśnictwa Toruń stanowi kluczowy element zachowania różnorodności biologicznej i ekosystemów. Oprócz ogólnokrajowych regulacji dotyczących ochrony roślin i zwierząt, w nadleśnictwie istnieją strefy ochrony wokół miejsc lęgowych dla dwóch istotnych gatunków ptaków – bociana czarnego i bielika.

Bielik (Haliaeetus albicilla), największy szponiasty ptak gniazdujący na terenie Polski, stanowi istotny element ekosystemu Nadleśnictwa Toruń. Aby zabezpieczyć jego siedliska, zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Środowiska, ustanowiono strefy ochrony wokół miejsc rozrodu. Strefa całoroczna obejmuje promień 200 metrów od gniazda bielika, natomiast strefa okresowa (od 1 stycznia do 31 lipca) rozciąga się do 500 metrów.

Drugim chronionym gatunkiem jest bocian czarny (Ciconia nigra), często nazywany hajstrą. Ze względu na jego wycofane zachowanie względem ludzi, częściej gniazduje w drzewostanach. Również dla tego gatunku ustanowiono strefy ochrony, zgodne z przepisami dotyczącymi ochrony gatunkowej zwierząt.

Zgodnie z obowiązującymi przepisami, w strefach ochrony istnieje szereg ograniczeń, mających na celu zachowanie spokoju i bezpieczeństwa dla ptaków. Bez zezwolenia regionalnego dyrektora ochrony środowiska zabrania się przebywania osób poza właścicielem nieruchomości objętej strefą ochrony oraz osobami wykonującymi prace na podstawie umowy. Dodatkowo, zakazane jest wycinanie drzew i krzewów, dokonywanie zmian stosunków wodnych oraz wznoszenie obiektów, urządzeń i instalacji.

Nadleśnictwo Toruń to nie tylko ostoje dla bielików i bocianów, lecz także obszar, na którym stwierdzono występowanie wielu rzadkich gatunków fauny i flory. Spośród 186 gatunków ptaków, 22 gatunków ssaków, 18 gatunków płazów i gadów, kilku bezkręgowców, 19 gatunków roślin naczyniowych oraz 6 gatunków porostów i grzybów, wiele podlega szczególnej ochronie. Zachowanie równowagi ekosystemu wymaga pełnej współpracy społeczności lokalnej i przestrzegania przepisów dotyczących ochrony przyrody. Dzięki tym staraniom Nadleśnictwo Toruń staje się nie tylko miejscem chronionym, ale także wzorem zrównoważonego zarządzania środowiskiem naturalnym.