1. Owady

Lasy polskie są narażone na rozległe szkody spowodowane gradacjami owadów.

Gradacja to niekontrolowany, rosnący w postępie geometrycznym wzrost ilościowy i rozprzestrzenianie się owadów, które stwarzają zagrożenie dla dalszej egzystencji drzew, powodując silne uszkodzenie aparatu asymilacyjnego.

Drzewa, które zostały go pozbawione, jako silnie osłabione, są narażone na działanie zarówno kolejnych ogniw biotycznych, jak i czynników abiotycznych. Dlatego rolą leśników ochroniarzy jest stałe czuwanie i wkraczanie z odpowiednimi zabiegami w razie zagrożenia trwałości lasu.

W Polsce około kilkudziesięciu gatunków wykazuje tendencje do masowych pojawów.

Drzewostany znajdujące się na obszarze Nadleśnictwa Toruń w wyniku warunków przyrodniczych, klimatycznych i składu gatunkowego (monokultury sosnowe) są podatne na rozwój szkodliwych owadów pierwotnych.

Wśród tych szkodników szczególne znaczenie mają foliofagi takie jak: strzygonia choinówka, brudnica mniszka oraz boreczniki. Miejsca najbardziej narażone na występowanie tych szkodników zostały ustalone na podstawie historycznych miejsc rozrodu oraz pojawów w latach ubiegłych  Duże znaczenie na terenie nadleśnictwa maja także niektóre szkodniki nękające, zwłaszcza zwójka zieloneczka i krobik modrzewiowiec.
Do największych gradacji należały:
· gradacja strzygoni choinówki (1923-1924),
· gradacja brudnicy mniszki (1978-1983),
· gradacje boreczników (1977-1978; 1984-1985; 1995-1996).

Borecznik uaktywnił się także w 2005 roku. Gradacja ta dotyczyła borecznika jasnobrzuchego, przeważającego w pierwszej generacji oraz borecznika sosnowca, dominującego w drugiej.

We wrześniu 2005 roku przeprowadzono akcje chemicznego zwalczania szkodnika przy pomocy preparatów DIMILIN 480 S.C. (o działaniu żołądkowym, wykazującym również kontaktowe działanie jajobójcze) oraz DECIS 2,5 EC (o działaniu kontaktowym i żołądkowym) samolotami typu M18 Dromader na powierzchni 2479,75 ha. Klasyfikacji drzewostanów do zabiegu dokonano na podstawie liczby larw w koronie drzewa (ścinka drzew na płachty) i zaobserwowanych szkód  aparatu asymilacyjnego. 

Zapobiegania szkodom ze strony owadów dokonuje się poprzez obligatoryjne, dokładne kontrolowanie rozwoju najgroźniejszych gatunków, począwszy od ich stadiów zimujących, aż po żerujące w koronie drzewa i bieżące reagowanie na powstające zagrożenia.

Analizuje się zawsze stan zdrowotności populacji i siłę oporu naturalnego środowiska w postaci obecności owadów drapieżnych i innych organizmów.

W praktyce odbywa się to przez jesienne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny w ściole (powtarzane ewentualnie wiosną), zakładanie pierścieni lepowych, ścinkę drzew na płachty, itp. W przypadku zagrożenia dla trwałości lasu leśnicy podejmują zabiegi ratownicze w postaci oprysków lotniczych.

Natomiast drzewostany fizjologicznie osłabione czynnikami chorobotwórczymi są zagrożone ze strony szkodników wtórnych z których największe szkody na terenie nadleśnictwa wyrządza przypłaszczek granatek i cetyniec większy i mniejszy w sosnie, ogłodek brzozowiec na brzozie i opiętek dwukropkowy na dębie. Mniejsze znaczenie maja smoliki.

Aby skutecznie ograniczyć populacje szkodników wtórnych wyznacza się oraz usuwa drzewa zasiedlone oraz wykłada drzewa pułapkowe.
W przypadku upraw sosnowych stałym zagrożeniem jest szeliniak sosnowy, zwalczany wyprzedzająco przy pomocy rowków izolacyjnych lub chwytnych w czasie zakładania zrębu, a na uprawach poprzez wykładanie wałków i zabezpieczanie chemiczne.

Bardzo ważne są zabiegi profilaktyczne, mające na celu podniesienie naturalnej odporności drzewostanów oraz ich stabilności.

Naturalnym czynnikiem buforującym nadmierny rozwój owadów szkodliwych jest różnorodność awifauny leśnej, która zasługuje na szczególną ochronę.

Aby stworzyć warunki dogodne dla jej rozwoju projektuje się powierzchnie metody ogniskowo-kompleksowej ochrony lasu wraz z remizami.

Na terenie całego kompleksu leśnego wiesza się budki lęgowe dla ptaków i schrony dla nietoperzy, grodzi mrowiska (na terenie nadleśnictwa stwierdzono 967 kopców), pozostawia śródleśne oczka wodne stanowiące miejsca bytowania płazów.
Na terenie nadleśnictwa zlokalizowanych jest 12 remiz oraz 5 powierzchni metody ogniskowo- kompleksowej.

2. Grzyby patogeniczne

W drzewostanach sosnowych na gruntach porolnych, zajmujących w nadleśnictwie powierzchnie 3098 ha, istnieje zagrożenie od huby korzeniowej, ale jest ono stosunkowo niewielkie i nie ma znaczenia gospodarczego.

Jednakże po zabiegach pielęgnacyjnych przeprowadzonych w drzewostanach starszych klas wieku, gdzie stwierdzono zagrożenie tym patogenem, wykonuje się smarowanie pniaków preparatem biologicznym zawierającym grzybnię Phlebiopsis gigantea, produkowanym pod nazwą PG IBL. Służy on do sztucznego zakażania pniaków grzybem saprofitycznym-rozkładającym martwe drewno, który jest konkurencyjny wobec Heterobasidion annosum. Jego rozwój następuje szybciej niż kolonizacja pniaków przez patogena, a poprzez korzenie przenosi się na sąsiednie drzewa, nie dopuszczając do rozwoju szkodliwego grzyba.

W młodnikach stosuje się wyrywanie i niszczenie porażonych drzewek.

W mniejszym zakresie występuje również zagrożenie opieńka, a walka z tym patogenem odbywa się poprzez usuwanie zarażonych drzewek.

Na szkółce występuje zagrożenie ze strony zgorzeli siewek, osutki, mączniakia dębu i skrętaka sosny.

Ważne jest także zastosowanie odpowiednich zabiegów zwiększających odporność drzewostanów, czyli właściwe przygotowanie gleby pod uprawę, dobór składu gatunkowego uprawy, sposobu ich zakładania i zastosowanie odpowiedniej pielęgnacji, wprowadzanie podszytów i podsadzeń produkcyjnych.

Na gruntach porolnych wprowadza się więcej gatunków liściastych celem zwiększenia ich stabilności.
Istotny stał się w ostatnich latach problem zamierania jesionów, który pojawił się w nadleśnictwie w 2001 roku.

W 2005 roku średni szacunkowy procent uszkodzonych drzewostanów starszych w nadleśnictwie wynosił 70%.

3. Ssaki

Zagrożenie ze strony zwierzyny dotyczy głównie jeleniowatych i polega na uszkadzaniu młodych drzewek na uprawach i w młodnikach.

Głównymi sprawcami uszkodzeń w uprawach leśnych są sarna i jeleń, łoś powodujące zgryzanie wierzchołkowych części pędów oraz uszkadzanie kory pędów głównych drzewek swoim porożem.

Największe uszkodzenia w młodnikach czyni jeleń poprzez spałowanie (zdzieranie w okresie zimowo-wiosennym kory młodych drzew). Mniejsze szkody w uprawach, ze względu na małą swoją liczebność w lasach powoduje zając.

Dla ochrony młodych drzewek przed zgryzaniem i spałowaniem stosowane są następujące metody:
- mechaniczne:
· grodzenia upraw

- chemiczne:
· repelenty (środki zapachowo-smakowe),
- wykładanie drzew do spałowania,
- utrzymywanie liczebności populacji zwierzyny na poziomie nie powodującym nadmiernych szkód w uprawach i młodnikach, tzn. szkody muszą utrzymywać się na poziomie gospodarczo znośnym – do 20% powierzchni ogólnej upraw i młodników.

4. Czynniki abiotyczne

Warunki klimatyczne Nadleśnictwa Toruń powodują, że największe zagrożenia abiotyczne związane są z niedostatkiem opadów i temperaturą powietrza.
Mała roczna ilość opadów i ich nieregularność powodują susze, co wpływa bardzo niekorzystnie na stabilność drzewostanów i sprawia, że są one mniej odporne na inne czynniki szkodotwórcze. Odbija się to również na zwiększeniu zagrożenia pożarowego. Pomimo to na terenie obrębu Ostromecko występują lokalne podtopienia, a w strefie zalewowej Wisły podtopienia sezonowe.

Ze względu na znaczny udział siedlisk żyźniejszych i obecność dębu, dużym zagrożeniem jest występowanie przymrozków późnych.